Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności następujące przepisy:

• ustawa z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (j.t. Dz. U. z 2005r. Nr 8, poz. 60 ze zm.)
• ustawa z dnia 14 czerwca 1960r. Kodeks postępowania administracyjnego (j.t. Dz. U. z 2000r. Nr 98, poz. 1071 ze zm.)

Zgodnie z art. 125 Ordynacji podatkowej, organy podatkowe powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia. W związku z tą zasadą, ustawa określa w art. 139 terminy załatwiania spraw przez organy podatkowe. Załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba, że przepisy stanowią inaczej. Niezwłocznie (jednak nie później niż w ciągu miesiąca) powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę łącznie z żądaniem wszczęcia postępowania lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu.

Załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym powinno nastąpić nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy, a sprawy, w której przeprowadzono rozprawę lub strona złożyła wniosek o przeprowadzenie rozprawy - nie później niż w ciągu 3 miesięcy.

Do terminów załatwienia sprawy nie wlicza się:

• terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności
• okresów zawieszenia postępowania
• okresów opóźnień spowodowanych z winy strony
• okresów opóźnień wynikłych z przyczyn niezależnych od organu

Wskazane terminy mają charakter instrukcyjny, tzn. organ podatkowy po przekroczeniu terminu do załatwienia sprawy nie traci prawa do rozpatrzenia sprawy i wydania decyzji. Jednak w razie przekroczenia terminu do załatwienia sprawy, organ podatkowy obowiązany jest, zgodnie art. 140 Ordynacji podatkowej, zawiadomić stronę o przyczynach niedotrzymania terminu i zarazem wskazać nowy termin jej załatwienia.

Zgodnie z art. 141 Ordynacji podatkowej na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie lub terminie dodatkowym (ustalonym w trybie art. 140), stronie służy ponaglenie. Co do zasady ponaglenie wnosi się do organu podatkowego wyższego stopnia, a jeżeli sprawa nie została załatwiona przez izbę skarbową, do ministra właściwego do spraw finansów publicznych.